La respuesta es: por ahora da igual. dnf upgrade es el comando correcto. Sin embargo, dnf update es un comando obsoleto que hoy día se comporta como alias para el otro comando. Eso significa que ejecutes el comando que ejecutes, el resultado será el mismo.
La pregunta que cabe hacerse ahora, por cierto, es si en algún momento el comando dnf update estará tan obsoleto que lo terminen por quitar. En ese caso, es de esperar que nos demos cuenta porque deje de funcionar el comando.
Tienes más información en la guía de usuario de DNF.